ในปีการศึกษา 2539ทบวงมหาวิทยาลัย ได้อนุมัติให้คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เป็นสถาบันฝ่ายผลิตในโครงการผลิตและพัฒนาอาจารย์ ในระดับปริญญาโท 3 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาเคมี สาขาวิชาชีววิทยา และสาขาวิชาฟิสิกส์ และในปีการศึกษา 2540 ได้รับอนุมัติให้เป็นสถานศึกษาฝ่ายผลิตเพิ่มเติมอีก 9 สาขา ดังนี้